当MySQL示例启动时，数据库会先去读一个配置参数文件，用来寻找数据库的各种文件所在位置以及指定某些初始化参数，这些参数通常定义了某种内存结构有多大等。在默认情况下，MySQL实例会按照一定的顺序在指定的位置进行读取，可以通过命令mysql --help | grep my.cnf来寻找。
如果启动时没有找到参数文件，这时所有的参数值取决于编译MySQL时指定的默认值和源代码中指定参数的默认值。（Oracle数据库启动时，如果找不到参数文件，是不能进行装载操作的。）
可以通过show variables like 'innodb_buffer%'命令查看数据库所有参数，也可以通过查看information_schema架构下的GLOBAL_VARIABLES视图进行查找（不建议）。
参数类型分为动态参数和静态参数，动态参数可以在MySQL实例运行中进行更改，静态参数不能更改。可以通过SET | [global | session] system_var_name = expr | [@@global. | @@session. | @@] system_var_name = expr
日志文件日志文件记录了影响MySQL数据库的各种类型活动，包括：
错误日志
二进制日志
慢查询日志
查询日志
错误日志（error log）对MySQL的启动、运行、关闭过程进行了记录。文件不仅记录了所有的错误信息，也记录一些警告信息或正确的信息。用户可以通过命令show variables like 'log_error'定位该文件。
慢查询日志（slow log）慢查询日志可以帮助DBA定位可能存在问题的SQL语句，从而进行SQL语句层面的优化。例如，可以在MySQL启动时设置一个阈值，将运行时间超过该值得所有SQL语句都记录到慢查询日志文件中。通过参数long_query_time来设置，默认值为10，代表10秒。
默认情况下，MySQL数据库不启用慢查询日志，可以通过参数slow_query_log设置。
log-slow-queries：旧版（5.6以下版本）MySQL数据库慢查询日志存储路径。可以不设置该参数，系统则会默认给一个缺省的文件host_name-slow.log。slow-query-log-file：新版（5.6及以上版本）MySQL数据库慢查询日志存储路径。可以不设置该参数，系统则会默认给一个缺省的文件host_name-slow.log
另外一个和慢查询日志有关的参数是log-queries-not-using-indexes，如果运行的SQL没有使用索引，则MySQL数据库同样会将SQL语句记录到慢查询日志文件。MySQL 5.6.5版本开始新增参数log_throttle_queries_not_using_indexs，用来表示每分钟允许记录到show log的且未使用索引的SQL语句次数。该值默认为0，表示没有限制。（这几个参数在MySQL官方文档没有找到！！！）
MySQL提供的mysqldumpslow命令可以直观的查看慢查询日志的内容。
从MySQL 5.1开始慢查询支持将记录放入mysql架构下的slow_log表。参数log_output指定了慢查询输出的格式，默认为FILE，可以将它设置为TABLE，就可以查询slow_log表了。
查询日志查询日志记录了所有对MySQL数据库请求的信息，无论这些请求是否正确执行。默认文件名为：主机名.log。查询日志从MySQL 5.1开始也支持放入mysql架构下的general_log表中。
二进制日志二进制日志记录了对MySQL数据库执行更改的所有操作，但是不包括select和show这里操作，因为这类操作对数据库本身没有修改。然而，若操作本身没有导致数据库发生变化，那么该操作可能也会写入二进制日志。
二进制日志的几个作用：
恢复：某些数据的恢复需要二进制日志，例如，在一个数据库全备份文件恢复后，用户可以通过二进制日志进行point_in_time的恢复。
复制：通过复制和执行二进制日志使一台运行的MySQL数据库与一台MySQL数据库进行实时同步。
审计：用户可以通过二进制日志中的信息来进行审计，判断是否对数据库进行注入的攻击。
可以通过参数binlog_format配置二进制存储的格式。在使用恢复和复制同步时，有不同的效果。
套接字文件在UNIX系统下本地连接MySQL可以采用UNIX域套接字方式，这种方式需要一个套接字文件。show variables like 'socket'\G;命名可以查看套接字文件。
pid文件但MySQL实例启动时，会将自己的进程ID写入一个文件中——该文件即为pid文件。由参数pid_file控制。
表结构定义文件因为MySQL插件式存储引擎的体系结构的关系，MySQL数据的存储时根据表进行的，每个表都会有与之对应的文件。但是不论采用何种存储引擎，MySQL都有一个以frm为后缀名的文件，这个文件记录了该表的表结构定义，还用来记录视图的定义。
InnoDB存储引擎文件 表空间文件