出于各种各样的目的，不少人会选择在电脑上同时安装Windwos操作系统与Linxu操作系统。如笔者电脑上就同时装有这两个操作系统。在部署类似的多操作系统的时候，不少Linux系统工程师会建议大家先安装Windows操作系统，然后再安装Linux操作系统。因为如果反过来，先安装Linux操作系统，再安装Windows操作系统，则很可能Windows操作系统安装成功后，会无法进入Linux操作系统，甚至两个操作系统都无法启动。这主要跟两个操作系统加载的方式不同有关。Windows操作系统采用的是间接加载的方式，而Linux操作系统则同时同时间接加载与直接加载。
直接加载是指操作系统启动时控制权交给开机管理程序时，立即加载操作系统的内容的加载方式。这种加载方式的基本流程是开机管理程序、操作系统内核。也就是说中间没有多余的环节，在加载过程中，没有中间步骤介于开机管理程序与操作系统内核之中。为此就被叫做直接加载。
间接加载则与直接加载不同。间接加载是指开机管理程序仅单的指到存放操作系统分区上的第一个扇区，然后由第一个扇区内的程序代码去加载操作系统内和。其流程为开机管理程序、操作系统上的第一个扇区上的代码、操作系统内核。与直接加载模式的流程进行比较，就可以发现其中间多了一个环节，即执行操作系统上的第一个扇区上的代码。
虽然这看起来只是一个很小的差异，但是对于双系统安装来说有很大的影响。因为微软的操作系统只支持间接加载模式。在安装微软操作系统时，Windows操作系统会完全覆盖MBR引导记录，并破坏现有的开机程序。为此如果先安装Linux操作系统，然后再安装Windows操作系统，则就会破坏原有的开机程序，导致Linux操作系统无法启动，更严重者两个操作系统都将无法启动。为此在安装多个操作系统的时候，最好能够先安装Windows操作系统，然后再安装Linux操作系统。因为Linux操作系统其支持直接加载和间接加载两种开机方式。当在部署有Windwos操作系统的时候，系统会自动采用间接加载模式，其与Windows操作系统兼容。而在没有Windows操作系统的时候，其默认会采用直接加载方式，以提高系统开机的效率。
一、修复Linux的开机引导程序。
如果先安装Linux操作系统，然后再按照Windows操作系统，导致Linux操作系统无法启动(或者两者都无法启动)，此时需要重新安装操作系统来解决问题呢?答案是否定的。可以有许多方式来修复Linux操作系统的开机引导程序。不过开机程序的种类不同，其修复的方式略有差异。笔者这里以Linux操作系统上最有名的GRUB开机管理程序为例，谈谈如何进行修复。
为了让操作系统内核能够顺利加载到内存中，就需要有一个开机管理程序来进行加载与初始化。Grub在其中就是起到这个作用。通过GRUB的操作界面，可以选取加载一种操作系统或者Linux操作系统内核，以及传递或者查看操作系统参数到内核中。当GURB开机管理程序决定启动的操作系统时，这个操作系统开机管理程序就会将其加载到内存，并将机器控制权交给被其启动的操作系统。
为此如果操作系统无法正常启动，如果排除硬件方面的故障原因之外，则最大的可能就是由于开机管理程序中的MBR开机记录损坏所致。很多原因都可能导致这个记录被损坏或者覆盖。如病毒的原因，意外死机等等。不过大部分情况下，这都是由于人为的因数所造成的。如在安装操作系统时，选择的顺序不对或者安装的方式不对，从而导致原有的MBR引导记录被不小心覆盖。通常情况下，如果先安装Linux操作系统，然后再安装Windows操作系统，都会遇到这种故障。因为在安装Windows操作系统的过程中，会将原有的MBR记录覆盖掉，从而导致系统无法启动。
遇到这种情况时，最简单的方式就是利用应急软盘来修复故障。如在安装完Linux操作系统后，系统都会提醒系统管理员建立一张系统启动盘。通过这张软件可以修复大部分的启动错误。如发生这种MBR引导记录被覆盖而无法启动的情况，则可以插入这张启动启动盘，然后执行grub-install /dev/hda命令，系统就会自动重新安装MBR程序代买，从而让操作系统能够在不重新安装的情况下恢复正常启动。